Ujfaluši, cuya familia es de origen húngaro, inició su carrera profesional en el Sigma Olomouc en 1996, tras haber jugado en las categorías juveniles del TJ Rymarov. Tras cuatro temporadas en las que jugó 82 partidos y marcó 3 tantos fue transferido al Hamburgo en diciembre del año 2000 por 50 millones de coronas checas -aproximadamente 2 millones de euros-. Allí jugó otras tres temporadas y media.
Después de jugar en la Eurocopa de Portugal fue vendido a la Fiorentina por una cantidad comprendida entre 6 y 7 millones de euros. Allí llegó a ser el segundo capitán del conjunto toscano. Aunque su posición habitual con su selección era la de central, en el equipo italiano jugó habitualmente de lateral derecho.
Su contrato con el club italiano terminó en junio de 2008 y fichó por el Atlético de Madrid, club que no tuvo que pagar por su adquisición. Ujfaluši firmó un contrato por tres temporadas. El fichaje vino acompañado por la polémica, ya que el Sevilla FC también anduvo detrás del jugador, con el que llegó a firmar un precontrato.1 La polémica vino precedida de varios desencuentros entre los clubes.2 El 24 de septiembre de 2009 el Juzgado número 2 de lo Social de Sevilla le condenó a pagar a la entidad nervionense 875.000€ más intereses.
Tras una primera temporada en el equipo colchonero en la que ayudó al equipo a clasificarse por segundo año consecutivo a la Liga de Campeones llegó la segunda temporada en la que levantaría su primer título como atlético y el primer título internacional de su carrera. El 12 de mayo de 2010 se proclamaría campeón de la Europa League, competición a la que había accedido el club tras su eliminación de la Liga de Campeones, derrotando en la final al Fulham por dos goles a uno. La siguiente temporada, 2010-11 no pudo comenzar mejor pues el 27 de agosto de 2010 consigue su segundo título como atlético al ganar la Supercopa de Europa al Inter de Milan por dos goles a cero. Esa misma temporada, el 11 de diciembre de 2010 disputaría frente al Deportivo de La Coruña el que sería su pártido de liga -entre liga checa, alemana, italiana y española- número 400, terminando el partido con una victoria dos a cero. En el Atlético de Madrid ha jugado de defensa, alternando las posiciones de central y lateral derecho. El 20 de junio de 2011, ficharía3 por el Galatasaray turco poniendo punto final a su etapa como jugador rojiblanco.
El 11 de septiembre de 2011 debutó con el Galatasaray en la derrota por dos a cero ante el Belediyespor en el partido correspondiente a la primera jornada de liga. El 5 de marzo de 2012 anotó su primer gol con el Galatasaray en la victoria por cero a cuatro ante el Sivasspor en el partido correspondiente a la vigesimonovena jornada de liga. El 12 de mayo se proclamó campeón de la Superliga de Turquía al empatar a cero el último partido frente al Fenerbahçe que marchaba segundo. En este partido Ujfaluši fue expulsado en el minuto 80 por doble amonestación y dejó a su equipo con 10 que también se enfrentaba a 10 jugadores pues el Fenerbahçe también había sufrido una expulsión en el minuto 65.