Transmisión incontrolada, cepas y genómica (divulgación)

Transmisión incontrolada, cepas y genómica (divulgación)

Juan B. Lorenzo de Membiela

«El país del mundo con más pruebas genómicas del SARS-COV2 es Islandia. Ha secuenciado la totalidad de todos sus casos positivos de Covid 19. Es una medida que ha sido fomentada por la OMS para controlar las variantes emergentes ».

Los test masivos que solo se hacen en algunos municipios perdidos y la secuenciación genómica del virus, realizados en pocos hospitales y centros de investigación, se han convertido en las nuevas herramientas para luchar contra elvirus. Estrategias ofensivas para abordar este problema, distinta a la pasividad de gestionar contemplando la fugacidad de los tiempos.

Fuente: Pixabay. Licencia CC0

En escenarios pandémicos, así lo narra la historia de la medicina, las rutinas pueden ser más peligrosas que los propios patógenos porque impiden acoplarse a circunstancias más ominosas evitando adoptar cautelas.

El país del mundo con más pruebas genómicas del SARS-COV2 es Islandia. Ha secuenciado la totalidad de todos sus casos positivos de Covid 19. Es una medida que ha sido fomentada por la OMS para controlar las variantes emergentes. Solo implica 3 horas y ha permitido identificar 463 variantes que los científicos llaman haplopitos, explica el jefe del laboratorio, Olafur Thor Magnusson, según recoge el diario France24[1].

Consecuencia de esta política, 41 personas que portaban la variante británica fueron retenidas en el aeropuerto. Incluso han podido identificar el lugar preciso de los brotes.

Otros países que han seguido esta iniciativa han sido:  Australia, Nueva Zelanda, Dinamarca y Sudáfrica. También Gran Bretaña a través del Consorcio COVID-19 Genomics UK (Cog-Uk) que cumple 10 meses este mes de enero habiendo secuenciado 200.000 genomas.

Gracias a esta iniciativa se han podido detectar nuevas variantes que han sobrecogido a muchos países por las consecuencias que están produciendo.

Recordemos que en junio de 2020 se originó en España una variante extendida por varios países que recibió el nombre de 20A.EU1[2]. Estudios rechazaron mutación alguna que incrementara su propagación.Pero en otoño de 2020 se detectaron otros tres linajes que han generado preocupación en la comunidad científica.

El primero se localizó en el sureste de Londres, en Kent, a mediados de octubre, desplazando a otras variantes. Fue denominada VOC 202012/01 por el Servicio Público de Salud; B.1.1.7 por el Consorcio de Genómica Británico (Cog-uk) porque es diferente al europeo preexistente y 501Y.V1 por la plataforma Nextstrain.

Las investigaciones arrojaron cambios en 23 letras del código genético viral, de las cuales 17 podrían alterar el comportamiento del virus. Ha incrementado su infestación del 40% al 70% en estimación matemática. Se cree responsable del 28% de contagios en Londres a principios de noviembre y del 63% desde el 29 de noviembre. El incremento del riesgo de contagio creció un 50% según el Instituto Wellcome Sanger.

A mediados de diciembre causó alarma entre los científicos porque se observó un incremento de la carga vírica a semejanza de la cepa de Sudáfrica. Se ha propagado por varios continentes y se encuentra en constante expansión declaran los CDC de Norteamérica.

La declaración del premier británico el 22 enero 2021 que anuncia un incremento de la letalidad de la variante británica ha desconcertado al mundo. La noticia fue suministrada por el Grupo Asesor de Amenazas de Virus Respiratorios Nuevos y Emergentes (Nervtag) que asesora al gobierno^[3].

La cepa B.1.1.7 puede ser hasta un 30% más letal. Esta cifra es una estimación extraída de distintos trabajos de investigación universitarios y oficiales[4], precisados de mayores estudios para ser concluyentes. Según el profesor del Imperial College, Neil Ferguson, el riesgo de muerte es de 1,3% mayor, es decir, 10 de cada 1000.

Según el profesor Peter Openshaw, del Imperial College, lo que produce que el virus B.1.1.7 sea más contagioso es que las personas infectadas producen más virus en el trato respiratorio superior^[5].

Los datos más precisos de la transmisión vienen del rastreo de casos en Inglaterra, estos arrojan que el 14.7% de las personas en contacto con infectados por la cepa británica se contagiaron frente al 11% de quienes mantuvieron contactos con infectados con la cepa común[6].

Centros de investigación como los CDC norteamericanos proponen adoptar medidas de prevención adicionales para impedir que se convierta en prevalente. La mitigación y la vacunación son opciones obligadas, aunque científicos defienden que la vacunación solamente no frenará la pandemia. El exceso de contagios favorece nuevas mutaciones que pueden esquivar las defensas producidas.

Hace unas horas acaba de publicarse la adquisición por Inglaterra de 60 mll. de unidades de la nueva vacuna de la empresa norteamericana Noravaxque ha demostrado una eficacia del 85.6% contra la cepa B.1.1.7 [7]. La fase III comenzó en diciembre de 2020[8].

Se encuentra muy extendida por el mundo. En Dinamarca, la cepa esta incrementándose un 70% por semana[9].

La segunda mutación fue detectada en Sudáfrica, en el municipio Nelson Mandela Bay, provincia de Cabo Oriental y recibió la denominación de 501Y.V2 o B.1.3.5.1. Su característica principal es su alta propagación y su capacidad de reinfectar a los enfermos de la covid reduciendo los efectos de las vacunas[10]. No ha quedado demostrada su mayor letalidad[11]

La revista Nature publicaba un estudio en 21 de enero de 2021[12]en donde se documentaba que el virus 501Y.V2 eludía parte de la respuesta inmune.

Fuente: Pixabay. Licencia CC0

Ante esta situación y la incertidumbre generada, la biotecnológica Moderna Lab. está desarrollando una nueva vacuna de refuerzo que estará disponible, presumiblemente, en otoño para acometer con más firmeza esta variante. La tecnología ARN mensajero que utiliza puede adaptarse rápidamente a nuevas versiones.

Para Pfizer y BioNTech, según un estudio preliminar, no presenta debilidades frente a esta cepa 501Y.V2, según recoge el Washington Post[13], afirmaciones no exentas de controversia puesto que las pruebas no han sido revisadas por pares[14].

Según la Plataforma de Secuenciación de Investigación e Innovación de KwaZulu-Natal, o KRISP que ha identificado la variante sudafricana, la potencia de esta cepa en su propagación es asombrosa. Se han encontrado casos en 32 países y la transmisión es ya prácticamente comunitaria.

La variante británica y la sudafricana surgieron de modo independiente y son filogenéticamente diferentes.

La tercera mutación es la brasileña, con ramificaciones en Japón por ser detectados en el aeropuerto, conocida como P.1. Fue descubierta en la ciudad de Manaos en diciembre de 2020 en donde hubo reinfección de pacientes de la Covid 19[15]en cifras muy elevadas. 

Se ha detectado otro linaje que suma otras mutaciones, el P.2, en distintos puntos de Brasil y en Manaos[16].

El linaje P.1 comparte, además , mutaciones que poseen las cepas británica y sudafricana.

Existe preocupación por esta misma variante hasta el extremo de que algunos países han cerrado sus fronteras a viajeros procedentes de Argentina, Bolivia, Chile, Colombia, Ecuador, Guayana Francesa, Guyana, Paraguay, Panamá, Perú, Surinam, Uruguay y Venezuela además de Portugal y Cabo Verde por sus estrechas conexiones con Brasil.

Francia cierra su espacio aéreo el próximo domingo 31 de enero menos a los países de la Unión Europea.

Ante estos nuevos linajes emergentes el análisis genómico de los contagiados por el SARS-COV2 es esencial, aunque no explica por qué los virus han mutado del mismo modo en distintos lugares de modo tan especial.

La analista científica Anjana Ahuja lo explica[17]recogiendo la hipótesis de Tulio de Oliveira, bioinformático de la Universidad de KwaZulu-Natal: los países con una primera ola descontrolada pueden haber creado una base para que los virus mutaran a variantes más peligrosas. Concurren circunstancias similares en Londres, Cabo Oriental (Sudáfrica) y Manaos (Brasil) en donde se han detectado respectivamente las cepas B.1.1.7; 501Y.V2 y P.1.

Los únicos países que han derrotado al SARS-COV2 son Nueva Zelanda, China, Australia y Taiwán. 

No adoptar sus estrategias nos aboca a una lenta agonía con resultados inciertos. Sera difícil de explicar el motivo por el que la tecnología no esta siendo empleada a modo como se gestiona en países de Oceanía y Asia. Es posible que todo dependa de la importancia que se dé a esta crisis o del talento creativo para afrontar desafíos inéditos.

Así la situación en enero de 2021, transcurrido un año desde que este patógeno se manifestara en Wuham, han quedado patente deficiencias muy importantes que han permitido el resurgimiento del virus deshaciendo todo lo logrado y ofreciendo un escenario mucho mas complejo por las mutaciones que han adquirido los distintos microbios.

---

[1] Ver website: https://www.france24.com/en/live-news/20210116-gene-mapping-champion-iceland-leads-the-way-in-covid-sequencing {Consulta : enero de 2021}.

[2]Artículo publicado en MedRxiv, website:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.25.20219063v1{Consulta: enero 2021}.

Pueden consultarse los distintos linajes del SARS-COV2 en website: https://cov-lineages.org/lineages.html{Consulta: enero de 2021}.

[3] Véase el website: https://www.gov.uk/government/publications/nervtag-paper-on-covid-19-variant-of-concern-b117 {Consulta: enero de 2021}.

[4]Véase « Infection Control Today »en websit: https://www.infectioncontroltoday.com/view/p-1-1-7-now-said-to-be-more-deadly-and-contagious yDiario «Financial Times »{ Consulta: enero de 2021}.

[5] Diario «Financial Times» de 29 enero 2021.

[6] VéaseFactCheck.org, website: https://www.factcheck.org/2021/01/what-do-the-new-coronavirus-variants-mean-for-the-pandemic/{Consulta: enero de 2021}.

[7] Véase CNBC, website: https://www.cnbc.com/2021/01/28/covid-vaccine-novavax-says-covid-vaccine-is-more-than-89percent-effective.html {Consulta : enero 2021}.

[8] Véase NIH, website: https://www.nih.gov/news-events/news-releases/phase-3-trial-novavax-investigational-covid-19-vaccine-opens {Consulta: enero de 2021}.

[9]Véase Diario «The Washington Post» en su edición de 22 enero 2021, website: https://www.washingtonpost.com/world/europe/uk-variant-covid-denmark/2021/01/22/ddfaf420-5453-11eb-acc5-92d2819a1ccb_story.html {Consulta: enero de 2021}.

[10]Artículo publicado en BioRxiv , website: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.18.427166v1{Consulta: enero 2021}.

También Diario «Financial Times» de 25 enero 2021, entre otros.

[11] Vease Medrxiv, website: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.21.20248640v1{Consulta: enero de 2021} y Factcheck.org, website: https://www.factcheck.org/2021/01/what-do-the-new-coronavirus-variants-mean-for-the-pandemic/{Consulta: enero de 2021}.

[12] Véase website: https://www.nature.com/articles/d41586-021-00121-z {Consulta enero de 2021}.

[13] Diario Washington Postde 28 enero 2021 en su website: https://www.washingtonpost.com/world/africa/south-africa-coronavirus-variant/2021/01/27/1b8ab6a0-5f4d-11eb-a177-7765f29a9524_story.html {Consulta: enero de 2021}.

[14]   Diario «Financial Times» de 25 enero 2021.

[15] Publicado en website: www.virological.orgel 10 de enero de 2021 {Consulta: enero 2021}.

Véase el Diario «La Nación » en website: https://www.lanacion.com.ar/salud/coronavirus-que-se-se-sabe-p1-nueva-nid2570008{Consulta: enero de 2012}.

[16] Véase «The Lancet » en website: https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00183-5/fulltext{Consulta: enero de 2021}.

[17] Véase el artículo de Ahuja « Las vacunas se han sobrevendido como estrategia de salida de la pandemia », Financial Times , edición de 26 enero 2021.