La Isla San Francisco es una de las tantas islas que se encuentran en el tramo inferior del río Uruguay, una importante vía fluvial de América del Sur que forma parte de la extensa Cuenca del Plata. Esta cuenca es la segunda más grande del continente después de la del Amazonas, y su red hídrica abarca territorios de cinco países. El Río Uruguay, en particular, actúa como frontera natural entre Uruguay y Argentina a lo largo de gran parte de su recorrido.
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