Está situado en el edificio que ocupó el Colegio de San Ambrosio, un antiguo hospicio realizado en 1715 por Joaquín de Churriguera.
Se creó a partir de la Sección de la Guerra Civil del Archivo Histórico Nacional, que fue creado durante la guerra por el franquismo para almacenar toda la documentación incautado durante la contienda y que no fue transportado o destruido en la huida al finalizar la guerra.
La documentación que contenía fue utilizada con fines represivos para juzgar a los enemigos del lado republicano. En la actualidad, es una fuente documental de gran valor para los historiadores e incluso ha servido para que los militares republicanos puedan solicitar una pensión de jubilación o una indemnización por el tiempo que permanecieron en prisión. El archivo incluye una zona dedicada a la masonería con el material requisado a las logias españolas.