Tras los acontecimientos de Lazos de Sangre, la muerte de Illyana, el retorno de Magneto y los primeros brotes del Virus del Legado, la que podía ser la más mortal amenaza contra los mutantes desde sus primeros días, los mutantes de la Patrulla-X, Factor-X y X-Force se encontraban probablemente en una de las situaciones más tensas de su historia, pues esta vez es cierto que se enfrentaban a un enemigo al que era imposible golpear, un enemigo que les atacaba en sus puntos más débiles… y del que Illyana y los mutados genoshanos sólo habían sido las primeras víctimas.
El grupo que más cambios tuvo, tanto a nivel argumental como a nivel de artistas a su frente fue sin duda Factor-X. A nivel creativo, los numerosos cruces de las colecciones mutantes hicieron que Peter David dejara la colección en manos de Scott Lobdell, que ya se encargaba de los guiones de Patrulla-X. No a mucho tardar, iría dejando espacio a J.M DeMatteis como dialoguista y luego como guionista completo, quizá confiando Marvel en que el que hubiera sido guionista de JLI supiera mantener el tono jocoso de las aventuras de David, pero no fue posible. El mundo parecía haberse vuelto de pronto más oscuro, y Factor-X también. Tras descubrir que habían sido traicionados por Val Cooper en el asunto de Cabo Hayden (recordemos que Val había sido “poseída” por los Acólitos, pero que conocía realmente los planes del Proyecto Despertar, el plan del gobierno de control de los mutantes), las relaciones entre esta y el grupo se esfumaron, y de hecho, Forja se convirtió en el nuevo enlace de Factor-X con el gobierno. Mercurio saldría del grupo (nadie explicó nunca por qué), y Forja comenzaría a contar cada vez más con los servicios del mercenario Random, tras un intento fallido de este de acabar con Polaris, intento auspiciado por alguien dentro del propio gobierno de Estados Unidos. Lejos de los tiempos de humor del humor de Peter David, Factor-X se hundió en el mundo de las conspiraciones gubernamentales, mientras los guionistas parecían tensar los hilos de lo planteado anteriormente, como en el caso de Rahne, decidida a liberarse de su lazo empático con Kaos, pero incapaz de hacerlo, lo que la lleva a escaparse se Isla Muir y volver a Washington con el resto de su equipo. Además, comenzaríamos a ver pistas y más pistas de que Madrox se había contagiado en Genosha del Virus del Legado, tramas que coincidirían en la saga de Refugio, una enigmática villana de origen hindú que busca adelantar el Mahapralaya, el fin del mundo, para acelerar la venida de la era dorada que seguirá a este. Aunque filosóficamente, Refugio consigue atraerse a varios miembros de Factor, como Polaris y una de las copias de Madrox, sus acciones continúan siendo las de una terrorista, aunque consigue liberar a Rahne de los procesos genoshanos, lo que lleva a que Madrox confíe en ella para curarle del Virus del Legado. Refugio no lo consigue y Jamie Madrox muere. Finalmente, Factor-X, con la ayuda de Val Cooper, infiltrada en la élite de Refugio, consiguen detener los planes de esta para provocar el fin del mundo, pero el precio es la vida de Madrox y el abandono del grupo por parte de Kaos. El equipo tendrá que volver a hacer frente a enviados de su propio gobierno (esta vez Avalancha y Comando Escarlata, de la vieja Fuerza de la Libertad) que tratan de matar a Polaris, y que finalmente, descubriremos que son enviados ni más ni menos que por Malicia, la merodeadora psíquica, que ha poseído a una influyente senadora, pero que busca recuperar a su más poderosa víctima, Polaris. En su encuentro final, Malicia poseerá a Kaos, y será la intervención del propio Mister Siniestro la que acabe con la merodeadora psíquica, al menos de momento
Factor-X sufrió enormemente la pérdida del genial Peter David, pero con la marcha de Joe Quesada tras los pocos números en
los que estuvo allí, también se vio bastante perjudicada en el apartado gráfico, con dibujantes que obviamente no estaban a la altura de lo que la colección se había merecido en otro tiempo. Jan Duursema o Chris Wozniak ilustraron estas páginas, las de una colección que descendió en pocos números de la élite a la mediocridad.Mientras tanto, en X-Force, y con Cable de nuevo al frente del grupo tras Atracciones Fatales, Fabian Nicieza nos trae un nuevo Frente de Liberación Mutante, liderado por el siniestro Fuego Reinante, un hombre con tendencias más terroristas y menos anárquicas que las de Dyscordia, que se presentaría ante el mundo secuestrando a Henry Peter Gyrich y trasladándolo a la isla de las Bermudas que había sido base de Magneto tanto tiempo atrás. Además de con los viejos miembros del FLM (Tempo, Brazos, Salvaje y Segador), Fuego Reinante contaba con dos aliadas más: una teleportadora que atendía por Locus y una arquera enmascarada que atendía al nombre de Moonstar, y que a todas luces, no podía ser otra que Dani Moonstar, regresada de Asgard para ponerse al lado de los villanos en esta ocasión. X-Force y el FLM se enfrentaron de nuevo, y aunque el equipo de Cable consiguió la victoria, lo hizo a costa de dos bajas: Mancha Solar, desaparecido junto a Locus, y Feroz, que mostró su lado más salvaje al pasarse al lado de Fuego Reinante y tratar de matar a Gyrich. Aun con esto de por medio, Nicieza dedicaría varias páginas a interiorizar en los personajes, especialmente en la relación entre Syrin (con cada vez más problemas con el alcohol) y Sendero de Guerra. Dominó (la de verdad) llegaría al grupo, conoceríamos parte del pasado de Estrella Rota en una aventura que transcurriría en el Mundo Asesino de Arcade junto a Adam-X, Syrin y Sendero de Guerra viajarían a Irlanda para hacer frente a un enloquecido Black Tom Cassidy, que se estaba convirtiendo en planta (algo debió pasar en alguna colección desde su última aparición en las páginas de esta serie para que esto fuera así), y Rictor tendría que hacer frente a su propia familia y los pecados de esta en el pasado. O sea, que habría sitio para todos. X-Force se vería también implicada en un cruce con Nuevos Guerreros, Juego de Niños, donde Nicieza recuperaría a los Arribistas y el Señor del Juego, y donde se sentarían las bases filosóficas del que sería el siguiente gran cruce de las colecciones mutantes. ¿Quién iba a hacerse cargo de la próxima generación de mutantes? El Señor del Juego lanzó a los Arribistas a la caza de los antiguos miembros de los Infernales y los Nuevos Mutantes, y por lo tanto, Bala de Cañón, Bumi, Moonstar, Rictor, Magma, Émpata, Sendero de Guerra y Estrella de Fuego se convertirían en presas de estos, y por lo tanto, Nuevos Guerreros y X-Force se unirían para hacer frente a los Arribistas y liberar a sus amigos. Curiosamente, el resultado lo marcaría Paige Guthrie, hermana pequeña de Bala de Cañón, que plantearía al Señor del Juego la pregunta antes formulada. ¿Quién se haría cargo de la siguiente generación? Antes de llegar a la respuesta de esta pregunta, X-Force tendría tiempo de solucionar sus conflictos con los X-Ternos, y de asistir a un breve renacimiento de Nimrod, el terrible centinela cazador de mutantes, al que Cable y Dominó consiguen desactivar apenas mediante la lógica de las consecuencias de su caza para los humanos que debe proteger, pero la aparición de Nimrod deja claro algo que se había insinuado remotamente en Factor-X aunque había quedado apagado por la aparición de Malicia. Algo estaba ocurriendo en el gobierno de Estados Unidos, investigaciones con tecnología que no debía existir y que tenían que ver con cazadores de mutantes. Pero esto ya llevaríamos meses viéndolo con toda claridad en Patrulla-X, a la que ahora pasaremos.
Aunque a nivel creativo Nicieza continuaría en X-Force, Greg Capullo finalizaría su andadura en Atracciones Fatales. Con poco estilo pero bastante eficiencia, Matt Broome realizaría algunos números, hasta dejar su puesto al que se convertiría en nuevo dibujante fijo de la colección: Tony Daniel (sí, el Tony Daniel que a día de hoy guioniza y dibuja una de las colecciones del Murciélago), un dibujante práctico y particular, pero sin el preciosismo que había caracterizado a Capullo.
Y llegamos por fin al desarrollo de las colecciones raíz de todo esto. Patrulla-X y X-Men. Mientras la primera se ocupaba de planos generales y amenazas a más alto nivel (con una dinámica casi de historias completas por números), la segunda se centraba en la mansión y en algunos personajes, con la misma política de historias autoconclusivas. Así, en X-Men nos encontrábamos con la presencia de Dientes de Sable en la mansión a causa de lo ocurrido en un X-Men Unlimited en el que había perdido a su telépata, Birdie, y Xavier había decidido participar en un extraño proceso de redención, que llevaría a los habitantes de la mansión por la calle de la amargura. Así, como el monstruo en el interior del hogar, Victor Creed (o sea, Dientes de Sable) tendría que vérselas con Júbilo, Jean Grey o Mariposa Mental. Además, veríamos el acercamiento de Arcángel a esta última, mientras ambos hacían frente al intento de Shinobi Shaw de restaurar el Círculo Interno del Club Fuego Infernal. Aquí veríamos también la esperada boda entre Cíclope y Jean Grey, donde One de U2 se convirtió en la pieza principal del baile. Tras la boda, llegaría la luna de miel (en la que Cíclope y Jean viajarían al futuro para convertirse en Flaco y Rojja, los tutores del jovencísimo Cable), y el nombramiento de la Bestia como jefe del Equipo Azul (aunque el sistema de equipos no funcionaba demasiado, apareciendo indistintamente los personajes en una colección y en otra). Descubriríamos que Revancha estaba infectada por el Virus del Legado, y antes de su muerte, decidiría resolver todos sus lazos pendientes, revelándose la intervención de Espiral en aquella dualidad entre Mariposa Mental y Kwannon, enfatizando la actual relación amorosa entre Betsy y Warren, y dejando claro que finalmente, Mariposa Mental era Elizabeth Braddock en el cuerpo de Kwannon. Una historia de un pasado compartido entre Gambito y Dientes de Sable, y la incursión de Bestia, Gambito y Mariposa Mental en uno de los centros de investigación de Mister Siniestro (que andaba en estos momentos por Honolulu enfrentándose a Malicia) y donde encontraron a una muy cambiada Responso junto a la que tuvieron que hacer frente a los clones que Siniestro realizaba de sus Merodeadores, fueron los últimos capítulos de X-Men antes de sumergirse por completo en la saga que estaba por venir.
Y cuya gestación se llevaría sobre todo en Patrulla-X, donde Pícara, Bishop y el Hombre de Hielo tendrían el primer
encontronazo con una especie de centinelas tecnorgánicos que parecían completamente humanos; encuentro que se repetiría al enfrentarse Arcángel y Jean Grey a lo que parecía ser un Cameron Hodge resucitado por el virus trans-mod, que se había traído consigo a una criatura semejante imprintada con los recuerdos de Candy Southern, en su afán por torturar a Warren. La biocentinela Candy se suicidaría, destruyendo a Hodge en el proceso, pero revelando que había allí mucho más de lo que se acertaba a ver de primeras. La boda de Scott y Jean llegaría también a estas páginas, donde ser haría un recuerdo de su historia de amor, y donde veríamos también el primer encuentro entre Xavier y Amelia Voght, la teleportadora de los Acólitos de Magneto, pero donde además Lobdell dejó entrever algo que tendría gran importancia mucho más adelante: la presencia de Magneto en la psique del profesor Xavier. Cable y Cíclope tendrían que hacer frente juntos al Ejecutor, y Bishop ocuparse de Dientes de Sable que había conseguido escapar de sus celdas, antes de que, con la salida de Romita Jr de la cole y la llegada del amerimanga Joe Madureira, los centinelas tecnorgánicos que se hacían llamar Falange volvieran a hacer su aparición, enfrentándose en plena Nueva York a Tormenta, Gambito y Yukio, revelando su capacidad de absorber materia viva y su práctica invulnerabilidad. Los hombres-X conseguirían sobrevivir a duras penas al ataque de Falange, pero estaba claro que los centinelas tecnorgánicos de la entidad Falange volverían en breve. Mientras los mutantes asumían la gravedad de sus problemas, Emma Frost regresaba finalmente del coma en el que se había sumido tras ser atacada por Fitzroy tras la muerte de los Infernales, y lo hacía dominando el cuerpo del Hombre de Hielo, tras el corte de medidas defensivas provocado por el ataque del Ejecutor y la escapada de Dientes de Sable. Xavier conseguiría devolver a una casi enloquecida Emma a su cuerpo y devolver el control del suyo a Bobby, pero con Emma Frost en danza, nos encontramos una nueva incógnita para una pregunta anteriormente mencionada. ¿Quién se haría cargo de la próxima generación?Tras un número en el que podríamos ver la vida de Coloso en Avalon, ejerciendo como abogado defensor de Neófito, acusado de traición por Éxodo, tendríamos por fin la respuesta a esa pregunta y a las relacionadas con la Falange. Porque precisamente, la saga que llegaría sería La Alianza Falange.