Además del ciclo animal-vegetal existen otros dos ciclos naturales que definen la incesante circulación de los elementos dentro de la atmósfera terrestre. Son los ciclos del agua y del nitrógeno.
El ciclo del agua empieza con la que se evapora del mar, de los lagos, de los ríos y del suelo debido al calor del sol; también la transpiran los animales y las plantas. Los vientos la transportan por la atmósfera y se precipita en forma de lluvia o nieve sobre el mar o sobre tierra firme.
Si cae en tierra rica en humus, el suelo la absorbe y la retiene igual que una esponja. Parte de ella continúa corriendo hasta llegar a una capa de roca impermeable. Sigue su descenso y acaba llegando al mar.
El agua que permanece en el suelo, aflora a la superficie y allí se evaporará de nuevo, o una planta la absorberá probablemente penetrando por sus raíces. Ascenderá por ella trasportando las sustancias disueltas recogidas en el suelo; una parte, con sus nutrientes, se la quedará la planta, el resto es traspirado a través de las hojas.
El agua sigue un itinerario del suelo hasta el cielo, sin el cual no podrían alimentarse ni crecer. Dependen enteramente del agua para que les lleve sus alimentos.
El nitrógeno es un ingrediente esencial para todas las plantas y los animales. El aire es una mezcla de oxígeno y este elemento, aunque no forman un compuesto sino que solo están mezclados. Esto significa que el nitrógeno es lo que se llama "nitrógeno libre", es decir, que está en condiciones y disponible para combinarse con otro elemento químico y formar un compuesto.
Sin embargo, las plantas superiores no pueden utilizarlo; lo necesitan formando un compuesto con, al menos, otro elemento. Así, una parte de nitrógeno combinada con tres de oxigeno produce el amoniaco que, tras sufrir otros cambios, está en condiciones de ser utilizado por las plantas.
Por fortuna, ciertas bacterias y algunas algas son capaces de hacer utilizable el nitrógeno. Es posible estimular la fijación de este elemento en la tierra por medios naturales. Los animales pueden transformar en pocas horas una materia vegetal de bajo contenido de nitrógeno en un estiércol rico en ese elemento. Por eso en un huerto la presencia de animales es importante para el suelo y la buena salud de las hortalizas.