Tengo bastantes archivos de audio con formato "OMA" que deseo convertir a "mp3", para esto crearemos un script, el contenido del script es el siguiente.
for f in *.OMA; do ffmpeg -i "$f" -f mp3 "${f%.OMA}.mp3"; done
Lo que debes modificar en tu caso son las extenciones, por ejemplo si tus archivos son "WAV", solo debes sustituirlos, donde yo he colocado "OMA".
Luego guardamos, cerramos nuestro script, y le damos permisos de ejecutable.
$ chmod a+x script.sh
Luego en la carpeta donde estan nuestros archivos ejecutamos dicho script.
./script.sh
Aqui asumo que el script está en la misma carpeta donde se encuentran los archivos de audio que necesitamos convertir.