La hermosa imagen de Jesús Nazareno, legado del barroco mexicano del siglo XVIII es venerada como su advocación nos lo indica en el árido poblado de Atotonilco (que en náhuatl significa “lugar de agua caliente”), Guanajuato, es un sitio lleno de mezquites y nopales y que en tempranas épocas fue habitado por chichimecas; para muchos este sitio es muy similar a Palestina lo cual le da un paisaje idóneo para venerar a la tan célebre imagen de Jesús Nazareno, idea la cual compartió el fundador del santuario, el venerable Luis Felipe Neri de Alfaro, del oratorio de San Felipe Neri.
Según narra la conseja popular, regresando de misionar el venerable Luis Felipe, se detuvo a descansar bajo un mezquite que había donde ahora se levanta el citado santuario, y en sueños se le apareció el Nazareno con la cruz a cuestas pidiéndole que en ese sitio se le construyera un Santuario para recordar su pasión, para que en ese lugar se hiciera penitencia y oración. Otras versiones nos dicen que habiéndole parecido tan similar a Palestina el sitio como ya se menciono le pareció ideal para un santuario donde recordar al Nazareno y como sucede en muchos casos de esta forma poder acabar definitivamente con los cultos idolátricos que se realizaban en los manantiales cercanos.
Con muchas dificultades el padre Alfaro logro conseguir el dinero para la construcción del Santuario (junto al que construyó una casa de ejercicios espirituales), gracias a limosnas y la herencia que sus padres le habían dejado. El santuario fue dedicado el 20 de julio de 1748 colocándose en el altar mayor la imagen de Jesús Nazareno, que fue hecha según indicaciones del Padre Alfaro, basándose en el Nazareno que vio en sueños. En un principio fue nombrado por el padre Alfaro como El Señor de Aguascalientes por el significado de Atotonilco, su festividad se celebra el Tercer domingo de julio. La casa de ejercicios fue dirigida por el padre Alfaro realizando los ejercicios espirituales de San Ignacio de Loyola con gran asistencia de penitentes como hasta la actualidad se siguen efectuando.
El Viernes Santo se realiza la procesión de penitentes en la cual, cuando aun vivía el padre Luis Felipe él mismo cargaba una cruz y una corona de espinas, y descalzo recorría varios kilómetros haciendo el viacrucis desde la población de San Miguel de Allende hasta el Santuario de Atotonilco. También buscaba a un hombre de complexión robusta para que en los momentos de las tres caídas le tirara de los tobillos con fuerza para que al caer al suelo las espinas se le enterraran en la frente y poder compartir de este modo un poco del doloroso camino del Nazareno. Aún hoy los penitentes que llegan a encerrarse por nueve días a realizar los ejercicios ignacianos portan coronas de espinas (aunque con espinas sólo por la parte exterior de la corona), cilicios, sogas y disciplinas que portan durante su estancia. El padre Alfaro, que toda su vida la pasó en el Santuario, solo caminaba de la casa cural al Santuario y de este a la casa, murió un viernes santo, 22 de marzo de 1776 y dejó en su testamento el santuario a la Orden de Predicadores de Santo Domingo.
Este santuario conocido como La Sixtina mexicana y joya del barroco mexicano, está adornado con pasajes bíblicos y de la pasión del Señor en todas las paredes y el techo, por los maravillosos pinceles de Miguel Antonio Martínez de Pocasangre y acompañado con poesías del padre Alfaro, lo que le ha valido ser nombrado por la UNESCO en el 2008 como patrimonio cultural de la humanidad.
También es conocido este templo como el Santuario de la Patria Mexicana, puesto que en este lugar el padre de la patria e iniciador de la independencia de México, el padre Miguel Hidalgo tomó el lienzo de la Virgen de Guadalupe a modo de estandarte que se enarbolaría como bandera durante toda la gesta independentista y que le valdría a la Virgen de Guadalupe ser llamada “patrona de nuestra independencia” por los insurgentes.
Entre las poesías escritas por el padre Alfaro destaca está dedicada a su amado Nazareno:
Dulcísimo Jesús, Dios verdadero,
Nazareno divino, hermosa flor,
mi rey, mi dueño, padre y redentor,
a quien amo, en quien creo y en quien espero.
Si al sacrificio vais, manso cordero,
veis aquí lo que roba vuestro amor:
la oveja soy perdida, Buen Pastor,
cuyas culpas cargáis en el madero.
Ya que así me buscáis, me habéis de hallar,
pues yo también os busco arrepentido,
y espero que me habéis de perdonar.
Porque amor y dolor me traen rendido,
y así, ya, dueño mío, no más pecar:
perdón, ¡oh mi Jesús!, perdón os pido.