Los orígenes de Škoda se remontan al principio de la década de 1890 comenzando como fabricante de bicicletas. Hacia 1894, un joven de 26 años llamado Václav Klement, que era librero de la ciudad de Mladá Boleslav en la actual República Checa, no pudo conseguir las piezas necesarias para reparar su bicicleta alemana. Klement se sintió disgustado, y aunque no tenía conocimientos técnicos previos, decidió abrir su propia tienda de reparación de bicicletas con la ayuda de Václav Laurin en 1895.
En 1898, tras el traslado a la nueva fábrica que habían construido, compraron una motocicleta Werner con motor ubicado en la horquilla de la rueda delantera, que demostró ser peligrosa y nada fiable. Con el fin de diseñar una máquina más segura, pidieron consejo al especialista en ignición alemán Robert Bosch. La nueva motocicleta fabricada, de nombre Slavia, hizo su debut en 1899.
Un año más tarde, en la compañía contaba con 32 empleados y la exportación de la Slavia comenzó con 150 motocicletas enviadas a Londres. En 1905 incorporaron a su producción los automóviles, cuyo primer modelo fue el Voiturette A. Este vehículo fue un éxito y la compañía se estableció a nivel del imperio Austrohúngaro e internacionalmente.
Tras la Primera Guerra Mundial la empresa comenzó a producir camiones, pero en 1924, tras varios problemas y un incendio, la compañía buscó un socio. Como resultado surgió Škoda Works, la mayor empresa industrial del Imperio Austrohúngaro. Tras diversos problemas durante la gran depresión económica, Škoda retomó su éxito con modelos como el Škoda Popular a mediados de los años 1930.
En julio de 1945, la fábrica se había reconstruido y la producción del primer coche Škoda tras la Segunda Guerra Mundial se inicia, dando lugar a la serie 1101 tratandose de una versión mejorada del Škoda Popular. A pesar de las condiciones políticas desfavorables y de perder el contacto con modelos producidos fuera de los países comunistas, siguió teniendo una buena reputación hasta los años 60, produciendo coches como el Škoda 440 Spartak, 445 Octavia, Felicia y Škoda 1000 MB.
A finales de la década de 1980, Škoda que entonces se llamaba Automobilové závody, aún producía conceptos de coches de los años 60. A pesar de su antigüedad y de ser el objeto de chistes, los Škoda seguían siendo visibles en las carreteras de Europa Occidental y el Reino Unido en los años 70 y 80. En 1980 se vendió en abundancia en el Reino Unido el modelo Rapid que se le conocía como el Porsche de los pobres.
El punto de inflexión llegó en 1987 con el Škoda Favorit. El diseño del Favorit fue responsabilidad de la compañía italiana Bertone. Con algo de tecnología de motor de compañías de Europa occidental, pero aún usando el caracteristico motor de 1289 centímetros cúbicos de Škoda, los ingenieros checos lograron diseñar un coche similar a las producciones occidentales.
La Revolución de Terciopelo trajo grandes cambios políticos y económicos a Checoslovaquia, y la mayoría de las industrias se privatizaron. En el caso de Škoda el gobierno decidió traer un socio fuerte del extranjero. La disputa fue entre Volkswagen y el fabricante francés Renault, siendo Volkswagen la elegida en 1990 y en abril de 1991 Škoda se convirtió en la cuarta marca del Grupo Volkswagen.
La percepción de Škoda en Europa occidental ha cambiado completamente. A medida que el desarrollo técnico avanzaba y salían nuevos modelos más atractivos al mercado, la imagen de Škoda empezó a mejorar. En 2006 la compañía alcanzó el objetivo esperado de producir 500.000 coches en un año por primera vez en su historia.