Investigadores del CIPF lideran una investigación en genómica computacional europea

Ana Conesa, investigadora Jefa del laboratorio de Genómica de la Expresión Génica, del laboratorio del Departamento de Bioinformática y Genómica del CIPF, lidera un proyecto europeo que permitirá estudiar el comportamiento celular de forma integral, con la finalidad de elaborar predicciones útiles para la práctica clínica en situaciones de enfermedad o tratamiento farmacológico.
Un programa de seis millones de euros
El proyecto está valorado en seis millones de euros en la Convocatoria 2012 del VII Programa Marco Europeo de Proyectos de Investigación en el área de Salud, y por la relevancia de la iniciativa, ha quedado en primera posición entre los presentados en dicha convocatoria. Su finalidad es desarrollar métodos matemáticos que sean capaces de analizar el enorme volumen de datos generado por las nuevas tecnologías genómicas de alto rendimiento, tales como la ultrasecuenciación, la proteómica, o la metabolómica.
Estas tecnologías permiten obtener de manera rápida y poco costosa una ingente cantidad de datos sobre el estado y composición de las células, hasta el punto de que la capacidad de producir datos es muy superior a la capacidad de las herramientas disponibles para analizarlos, por lo que el análisis de los datos se presenta como una dificultad. "Con el proyecto pretendemos crear una infraestructura computacional necesaria para dar solución a este reto del análisis, a través de la elaboración de modelos que transformen los datos en información útil que nos permita predecir aspectos de la biología celular humana, como por ejemplo respuestas a tratamientos médicos o los efectos secundarios de un fármaco", explica Ana Conesa
Predicciones para la pràctica clínica
El proyecto tiene previsto integrar por primera vez los datos de hasta siete niveles de organización del genoma, de manera que se obtenga una visión global e integrada del comportamiento celular y su regulación. Como afirma Conesa, "se trata de desarrollar las herramientas matemáticas para que los investigadores puedan entender cómo interpretar sus propios datos genómicos de la manera más amplia posible, y usarlos para elaborar predicciones útiles en la práctica clínica. En el proyecto participan prestigiosas instituciones como el Instituto Karolinska de Suecia, el London Imperial College of Science Technology and Medicine (ICL) o la Universidad de California (Irvine); y cuenta además con empresas líderes europeas que generarán software amigable para asegurar que los descubrimientos tengan una fácil aplicación en el ámbito biomédico.
Conocimiento, tecnología y ciencia
El proyecto -cuyo acrónimo es STATegra- cuenta con la participación de un equipo internacional y multidisciplinar que integra equipos de investigación biomédica en inmunología, grupos con grandes equipamientos en tecnologías ómicas, investigadores en bioinformática y bioestadística, y empresas líderes del sector. Como asegura la Dra. Conesa, "este proyecto es una clara apuesta por la integración y la perspectiva multidisciplinar como la única fórmula posible para crear modelos del comportamiento celular que sean fiables y a la vez útiles".
El equipo científico del proyecto tiene previsto generar los datos ómicos sobre un sistema controlado de diferenciación de células del sistema inmune, y todos los modelos matemáticos y predicciones generados por los expertos bioestadísticos serán verificados en el laboratorio por los socios experimentales del proyecto. Como expone Conesa, "de esta manera nos aseguramos de la calidad de los datos y de que los modelos matemáticos tienen sentido, ya que ésta es la filosofía STATegra".
Aplicabilidad a corto plazo
Asimismo, el proyecto supone un paso adelante porque por primera vez se plantean unos modelos que abarcan el genoma en su globalidad. El propósito es medir todo: desde la estructura del núcleo, el estado del epigenoma, la actividad de los genes y sus elementos reguladores, hasta las proteínas y los metabolitos. De esta forma se pueden crear herramientas bioinformáticas que permitan integrar todos estos datos a la vez, o por partes, según las consideraciones del investigador. "Esta visión integral permitirá partir de un punto y poder predecir qué va a ocurrir en el resto; así como correlacionar los distintos datos para conocer cuál es el equilibrio, o si algún elemento repercute en problemas de salud, etc", afirma la investigadora espanyola.
Otra de las características más relevantes del proyecto es su aplicabilidad a corto plazo. Como apunta Conesa, "todos los desarrollos bioestadísticos se ofertarán en forma de software libre a la comunidad científica, y la participación de empresas bioinformáticas líderes en el sector garantizará, además, la creación de programas bioinformáticos amigables para que el uso de estos métodos sea fácil y asequible a todos los investigadores biomédicos". **Publicado en "ACTA SANITARIA"