La cueva, conocida desde tiempos ancestrales, comenzó a ser visitada para rendir culto a la Virgen cuando, según es tradición, a principios del siglo XVI un pastor que se refugiaba en ella de un temporal encontró la figura de una Virgen tallada en yeso un siglo antes, según es creencia, por Bonifacio Ferrer, hermano de San Vicente, muy aficionado a tales menesteres artísticos del que se dice había vaciado un molde en el que realizaba copias de la imagen para ofrecerla a los pastores de la comarca para que, llevándolas consigo en sus zurrones, pues eran de escaso tamaño, las veneraran y les protegiesen de los peligros del monte. Los favores prestados y milagros hechos por la Virgen de la Cueva Santa pronto alcanzaron fama. En 1571 Juan Montserrate Escario, desterrado del vecino pueblo de Jérica por la lepra que padecía, se refugió en la cueva con su mujer Isabel Martínez, quien lavó sus llagas con el agua que gotea del techo de la gruta y rogó a la Virgen aliviase a su esposo del mal. Pocos días después Juan sanaba por completo, y la Virgen comenzó a ser muy reconocida y visitada. Se comienza en aquellos tiempos a recurrir a Ella en rogativas cuando la sequía marchitaba campos y agostaba fuentes y, como se vieran cumplidas las súplicas de los fieles, no se tardó mucho en construir una capilla en el fondo de la gruta a más de veinte metros de profundidad.
Pero no se piense que el devenir de la gruta y su Virgen, patrona de los espeleólogos, ha sido un camino de rosas. En 1917 el obispo Amigó decretó el traslado del cuerpo de fray Bonifacio Ferrer desde la catedral segorbina, en donde se hallaba desde su descubrimiento pocos años antes en las ruinas de la cercana cartuja de Vall de Christ, hasta la gruta, mas poco duró su descanso en el fondo de la sima sagrada. En 1936 sus restos fueron profanados y sus cenizas aventadas, mientras la talla de la Virgen fue hecha añicos y los fragmentos dispersos.
La Virgen de la Cueva Santa de Altura. Reproducción
en su capilla de la iglesia de Santa Catalina de Valencia.