Ontología: El arte y la ciencia de compartir el conocimiento

Hace poco oía en el podcast “A hombros de Gigantes” que los botánicos, a diferencia de muchas otras disciplinas científicas (lo señalaban con sus colegas los zoologos por ejemplo), al describir una nueva especie aún tenían que recurrir a una definición del especímen a través del latín, tal vez a lo que Wald se refiera como lingua franca.

En realidad resulta sorprendente como, aunque se supone que nuestro lenguaje (hablo al menos en los términos que conozco que son los biomédicos), aunque se supone está “diseñado” para universalizar términos, resulta ser tan vasto. Una investigación en la red no puede decirse que fue completa si solo se basó en un término y no se buscó en MeSH (abreviatura de Medical Subjet Headings) si no existen términos similares que describan el mismo fenómeno. A esto generalmente le llaman ontologías, pero estas hacen más que controlar términos, es ahí donde Wald ahonda en su revisión, quien cita a Stefan Shulz de la Medical University of Graz en Australia, que considera que las ontologías “ayudan a enfrentarse a una siempre creciente y caótica acumulación de texto y hechos”, procedentes de la investigación biomédica y de translape.

Las ontologias biomédicas son aplicaciones del campo de la rama filosofica basada en Matemáticas llamada Ontología. Es por ello que para Jobst Landgrebe, del International Institute for the Safety of Medicines (ii4sm), un ontólogo biomédico debe tener:

• Pensamiento matemático
• Pensamiento filosófico
• Pensamiento en un dominio específico

Por su parte, Larisa Soldatova de la Universidad de Wales, lo idóneo es que los investigadores adopten la mismas ontologías en sus trabajos, esto daría claridad a sus resultados, su reproducibilidad y facilitaría el intercambio de conocimientos y su utilización. Pero lograr establecer ontologías será un proceso lento al requerir concensos, señala Susanna-Assunta Sansone, del Oxford e-Research Centre, de la Universidad de Oxford, y sabemos lo que significa llegar a concensos en la comunidad científica, de hecho Sansone comenta “no tienen una idea cuanto tiempo invertimos en debatir sobre el signifcado de una simple palabra”.

Enlaces de interés:

• National Center for Ontological Research (NCOR), University of Buffalo, N.Y.
• National Center for Biomedical Ontology (NCBO)
• Stanford Center for Biomedical Informatics Research (SCBIR)
• Open Biological and Biomedical Ontologies Foundry (OBO)
• Ontology for Biomedical Invetigations (OBI)
• Bio-Ontology Special Interest Group

Fuente: Wald C. More Than Words [Internet]. Science Careers. 2011 Dic 2 [cited 2011 Feb 10];Available from: http://sciencecareers.sciencemag.org/career_magazine/previous_issues/articles/2011_02_11/caredit.a1100012