Archivo de la Villa: S.XVI-XVII
En el nuevo siglo, sobre 1514 y con el corregidor Pedro de Vaca, se realiza otro inventario, teniendo una descripción muy breve de los documentos contenidos en él. Además la documentación se traslada del Arca de Santo Domingo el Real a la Cámara del Nuevo Concejo en la Iglesia de San Salvador, como nos indica Mesonero Romanos en su libro "El Antiguo Madrid", con el siguiente fragmento:
"... Aunque quedó establecida la corte en esta villa en 1561, el ayuntamiento de Madrid, respetuoso observador de su sencilla costumbre, siguió celebrando sus reuniones en la pequeña sala capitular, situada encima del pórtico de la parroquia de San Salvador, según consta de muchos documentos, y entre otros, de unos acuerdos que hizo la villa para trocar ciertos terrenos ...".
Los materiales del Arca sólo podían ser consultados por los responsables del mismo, el corregidor, los regidores y el escribano. Sólo se abría cuando los derechos de la Villa estaban amenazados. Con la llegada de Carlos I y su corte de Madrid, crecen las calles, la población, los criados del rey, etc. y por tanto la documentación del Arca también lo hace.
La primera vez que se denomina "Archivo de la Villa" es por una cédula de Carlos I dirigida a Madrid en 1525, planteándose el tener un archivo nuevo a petición de los corregidores para poder consultarlo. Destaca que Gregorio de Oviedo, quisiera conocer la historia de San Isidro Labrador contenida en los documentos del Arca, ya que el madrileño agricultor pordría ser canonizado póximamente. El regimiento se vuelve a reunir para destinar las construcción del lugar a Pedro de Herrera, pero finalmente no se lleva a cabo por falta de dinero.
Carlos III
El regidor comisario del archivo, fue sustituido por Pedro de Ludeña, el 5 de junio de 1566, quien ocupó el cargo hasta que murió en 1579, viniendo a ocupar su lugar Velázquez de la Canal. A éste último se le llega a denominar "archivero de la villa".