La unidad de clasificación de los seres vivos es la especie, que puede definirse como el conjunto de individuos similares estructural y funcionalmente, que sólo pueden cruzarse entre sí y tienen un antecesor común. Las categorías taxonómicas forman un orden jerárquico, es decir, una serie de niveles en los que la categoría mayor abarca a todas las demás. Hay ocho categorías principales: especie, género, familia, orden, clase, división o phylum, reino y dominio. Cada categoría, desde especie hasta dominio, es cada vez más general e incluye organismos cuyo antepasado común era cada vez más remoto en su relación evolutiva. El nombre científico de un organismo se forma de hecho de las dos categorías más pequeñas: el género y la especie.
Desde Aristóteles hasta Linneo, los biólogos dividían el mundo de seres vivos en dos reinos: vegetal (Plantae), individuos inmóviles, autótrofos y fotosintéticos, y animal (Animalia), organismos móviles y heterótrofos.
En 1866, el alemán Ernst Haeckel sugirió la conveniencia de constituir un tercer reino: el Protista, que comprendiera los organismos unicelulares (bacterias, algas, hongos y protozoarios). En 1937, Chatton estableció un cuarto reino, el Monera, para abarcar a todos los organismos procariontes (bacterias y cianofitas), diferenciándolos de los eucariontes (plantas, animales y protistas).
En 1969, el biólogo R. H. Whittaker, establece un esquema de clasificación que reúne los organismos en cinco reinos. Él distinguió el reino Fungi (hongos y levaduras) como un reino separado de las otras formas de origen vegetal. Los hongos carecen de pigmentos fotosintéticos pero tienen núcleos y paredes celulares.
En 1990, Carl Woese comprobó que por la secuenciación del ARNr, los procariontes se dividían en dos grupos: eubacterias y arqueobacterias Propuso un nuevo taxón superior al reino que llamó dominio.
Todos los seres vivos se agruparían en 3 dominios: Bacteria, Archaea y Eukarya, de los cuales, dos son exclusivamente procariontes pertenecientes al que era el reino Monera (Bacteria y Archaea) y el tercero (Eukarya), formado por eucariontes, incluiría entre otros los reinos Protista, Plantae, Animalia y Fungi.
El sistema de tres dominios propuesto por Woese, es un modelo evolutivo de clasificación basado en diferencias en las secuencias de nucleótidos del RNAr y RNAt, en la estructura lipídica de la membrana y en la sensibilidad a antibióticos.
Este sistema propone que una célula ancestral común dio origen a tres diferentes tipos celulares: Archaea (arqueobacterias), Bacteria (eubacterias) y Eukarya (protistas, hongos, animales y plantas).
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