Clonar un disco es super fácil en Linux, en este caso voy a copiar una tarjeta SD a una imagen en archivo y luego esa imagen a otra SD, pero perfectamente se puede hacer de disco a disco.
Solo recuerda no tener montados los discos a clonar.
En mi caso primero creo una imagen llamada SD.img de la tarjeta microSD /dev/mmcblk0 con el siguiente comando.
sudo dd if=/dev/mmcblk0 of=SD.img bs=1M
Luego copio la imagen a una nueva microSD.
sudo dd if=SD.img of=/dev/mmcblk0 bs=1M