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Los trece capítulos finales obligaron a los personajes a enfrentarse a situaciones límite como la realidad virtual donde estuvieron varios meses atrapados Zane, Allison, Grace y Holly; o el intercambio de cuerpos, hasta tuvimos un capítulo que homenajeaba el clásico "La invasión de los ultracuerpos". Ataques, secuestros, muertes, el coche de Carter sufriendo algún catastrófico accidente, Fargo metiéndose en líos, Beverly Barlowe haciendo de las suyas, Vincent preocupado por el Carpe Diem y un montón de genios con acceso a lo último en tecnología como el irritante Parrish (Wil Wheaton). No obstante, por encima de todos los problemas, de las tribulaciones, discusiones, dudas y miedos el amor fue la constante en esta despedida.
Durante cinco temporadas seguimos las aventuras del simpático y sufrido sheriff Carter (Colin Ferguson) por las calles de Eureka y los pasillos de Global Dynamics, salvó el mundo y el pueblo numerosas veces y por el camino conquistó el corazón de la doctora Allison Blake (Salli Richardson). Ambos pasaron por muchas pruebas pero su relación se resintió mucho cuando, tras pasar varios meses atrapadada en una realidad simulada, Allison receló de su amistad con Joe (Erica Cerra).
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Carter y Allison lograron superar el bache, y consumaron su relación con una boda in extremis bajo el agua. Joe y Zane se dejaron de tonterías, fueron honestos el uno con el otro y se comprometieron. Pero hubo más amor en Eureka y más relaciones que fueron puestas a prueba. Los guionistas parecían querer que sus personajes sufriesen aunque al final todo salió bien para todos.
Henry y su mujer Grace tuvieron que aprender a confiar el uno en el otro. Tras pasar por la Matrix Eureka, y matar al Henry virtual para poder escapar, Grace deja la ciudad alegando que necesita despejar su mente. Cuando regresa descubrimos que fue una de las espías de la trama de Beverly Barlowe y que fue el Henry de esa realidad quien la introdujo en el juego. Casi termina en prisión pero gracias a la intervención de Beverly se libra de la cárcel y se queda junto al hombre de su vida, aunque llegase desde otra línea temporal.
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Incluso las máquinas se amaron en Eureka, la casa inteligente S.A.R.A.H y el ayudante cibernético Andy vivieron una intensa y tórrida relación que casi culmina en boda, pero la casa inteligente, en el último momento prefirió llevar las cosas con más calma.
Y es que pasaron tantas cosas en la última temporada de la serie que parece increíble que solo fuesen trece episodios. El Just Another Day, capítulo final, fue un bonito y sentido adiós; los responsables de Eureka nos dieron a los fans la oportunidad de despedirnos con calma y echando una vista atrás, trajeron de nuevo a Zooey y a Taggart, y al perro Lowjack y al doctor Trevor Grant (James Callis) para que salvase Eureka.
Un adiós que nos deja a Carter llevando en coche a Zooey hacia el aeropuerto, van por la misma carretera que recorrieron en sentido contrario cinco años antes, una carretera que los llevó a Eureka y hacia una nueva vida. Muchas cosas han cambiado en ese tiempo, Zooey va a la universidad, Carter se ha casado con Allison y esperan un hijo; y la ciudad, a pesar de todo, sigue en el mapa. Entonces se les cruza un coche y ven que son ellos cinco años antes, son ellos aquella noche en la que el marshall Carter llevaba a su hija arrestada en la parte de atrás. El círculo se cierra y Carter sonríe, cosas de Eureka.