Cuando se desintegra la Gran Colombia no había sino una frontera convencional entre los países que lo conformaban. Esto propició el surgimiento de problemas de soberanía. Hacia fines del siglo XIX los límites fronterizos se hizo presente; quizá en ello influyó el interés que originó la riqueza cauchera de la zona. A partir de 1904, Colombia intentó a través de distintos convenios con el Perú, solucionar la ausencia de una demarcación limítrofe y los problemas de violencia surgido en la zona, especialmente entre el Putumayo y el Caquetá. En Lima, el 21 de abril de 1909, firmaron un tratado de amistad y arbitraje el canciller peruano Melitón Porras y el plenipotenciario colombiano acreditado en Lima. Luis Tanco Argaez. El tratado Porras-Tanco estableció que la cuestión de límites entre ambos países se postergaría hasta cuando el árbitro español hubiese fallado en el juicio con el Ecuador.
Incidente de Caquetá con Colombia
Colombia dispuso guarniciones militares en la margen derecha del río Caquetá, para ello envió una guarnición al mando del general Isaías Gamboa con el objetivo de ocupar Puerto Córdova, también denominado La Pedrera. Con el fin de evitar un conflicto se llevaron acabo negociaciones en Bogota que culminaron en la firma, el 19 de julio de 1911, del convenio Tezanos Pinto-Olaya Herrera. En él se acordó que las guarniciones en a zona serían tan solo provisionales y que la ocupación no suponía el reconocimiento de derecho alguno.
Considerando las dificultades de comunicación de la época se estipuló que lo convenido obligaba, aunque se realizara un choque armado en la zona. Los firmantes ignoraron que días antes, entre el 10 y 12 de julio, ya se había producido un enfrentamiento que concluyó con el desalojo de las tropas colombianas. El Perú mantuvo el compromiso acordado con Bogota, procediendo a desocupar Puerto Cordova.
Tratado Salomón-Lozano
Las relaciones entre Perú y Colombia no se deterioraron por el incidente de Caqueta. Fue en esas circunstancias que se logró la firma en Lima, el 24 de marzo de 1922, del tratado Salomón-Lozano, siendo presidente Augusto B. Leguía. La línea de frontera se reconocía, fundamentalmente, en el río Putumayo, mas, cuando recibe por su margen derecha al río Yaguas, seguía la frontera por una línea que por esta confluencia vaya a la del río Atacuari en el Amazonas, y de allí por la vaguada del río Amazonas hasta el límite entre el Perú y el Brasil establecido en el tratado entre Perú y Brasil del 23 de octubre de 1851. Colombia obtenía acceso al Amazonas sobre el reconocimiento de un territorio de forma trapezoidal cuya base la constituía el río Amazonas; de allí el nombre que se le ha dado de trapecio amazónico, también llamado trapecio de Leticia, ya que la localidad peruana más importante que en ella existía, y que se entregaba, era Leticia. En el tratado Colombia declaraba que pertenecían al Perú los territorios comprendidos entre la margen derecha del río Putumayo, hacia el oriente de la boca del Cuhimbé, y la línea establecida y amojonada como frontera entre Colombia y el Ecuador en las hoyas del Putumayo y de Napo, de acuerdo al tratado de límites firmado entre esas repúblicas el 15 de julio de 1916. El tratado Salomón-Lozano, si bien puso fin a la situación fronteriza con Colombia, es tal vez, el más controvertido de los firmados por el Perú. El tratado fue mantenido en secreto hasta 1925, y el Congreso peruano lo aprobó solo en 1927. La entrega de los territorios ocurrió a fines de agosto de 1930.
Mapa de la frontera entre Peru y Colombia