Thales es el fundador de la escuela holozoísta o materialista, para la cual el Universo estaría hecho de una sustancia fundamental única y su complejidad proviene de cambios en esa materia básica. Su opinión fue que la sustancia básica del Universo era el agua, Thales usó la palabra cosmos para designar al Universo. Para los griegos, cosmos significó un mundo ordenado, racional y comprensible, en el que los fenómenos pueden explicarse en términos naturales.
Contemporáneos de Thales fueron: Anaximandro, cuya forma de pensamiento se basaba en el desbalance o "injusticia" según el punto de vista de los griegos que existía entre los pares opuestos (calor y frío, humedad y sequedad, etc); y Anaxímenes el cual llegó a la conclusión de que el aire era la sustancia básica del Universo.
La obra de éstos milesios (de la isla de Miletos) es la de haber transformado la manera de ver los fenómenos naturales; el poner a un lado las explicaciones sobrenaturales y el empezar a trabajar como científicos, inventando un método de interpretación de la naturaleza.Aproximadamente 550 a.C. en la isla griega de Samos nació Pitágoras, cuyo énfasis en el número puso de manifiesto la importancia de la cantidad y las explicaciones cuantitativas en la explicación del cosmos.En el siglo V a.C., el griego llamado Heráclito propuso la idea de que el fuego era el constituyente básico de la materia.Empédocles de Acragas (nacido en 490 a.C. en la hoy Agrigento, en Sicilia), al aire, el agua y el fuego, añadió la tierra, combinando todo en una teoría de los cuatro "elementos" y , basado en los pares opuestos seco-húmedo y frío-calor, incluyó dos principios activos: amor (fuerza unificadora) y odio (fuerza separadora) a los que tomó como sustancias considerando a los cuatro principios elementales como inmutables y eternos, pero que al ser movidos por el amor y el odio se unificaban o separaban continuamente de manera que las cosas devienen constantemente.
Anaxágoras de Clazomene (468 a.C.) fue contemporáneo de Empédocles; para Anaxágoras los cuatro elementos están presentes en cantidades variables en cualquier partícula de materia, la cual es infinitamente divisible, pero siempre se compone de los cuatro elementos y la diferencia entre las cosas radica en la preponderancia de alguno de ellos; en lugar de amor y odio propuso un solo principio activo: el nous o inteligencia.Leucipo (de quien casi nada se conoce) y su discípulo Demócrito de Abdera (460-370 a.C.) proponían que la materia no es sino una concentración de pequeñas partículas o "átomos", tan pequeñas que no podían dividirse (atoma significa indivisible). Por ello, la doctrina propuesta por ellos se conoce como "atomista".En Biología, Demócrito dividió a los animales en "con sangre" y "sin sangre", siendo en esto un precursor de Aristóteles. Las teorías atomistas representan el punto más alto alcanzado en esa época.Aristóteles, nacido en Estagira y conocido como "el estagirita" (384-322 a.C.) es sin duda uno de los mayores genios que hayan existido jamás. Es importante en la historia de la Ciencia, tanto por que sus ideas filosóficas tuvieron una enorme influencia que en parte llega hasta nuestros días, como porque personalmente fue un auténtico científico.
En Biología Aristóteles tiene un lugar de honor, consideró a los seres vivos como una combinación de forma y materia.
Las obras biológicas del Estagirita son:
-Historia animalium donde se da una descripción del cuerpo humano y animal en sus caracteres externos y órganos de los sentidos, generación y desarrollo embrionario e influencia del hábitat; describe 496 animales.
-De partibus animalium, es un estudio de las partes del cuerpo animal considerado en tres partes en que se organizan: 1º)los cuatro elementos; 2º)sustancias homogéneas (médula, sangre, huesos, carne, etc. --según Aristóteles--), 3º) sustancias heterogéneas (piernas, brazos). En esta descripción falta lo fundamental en el ser vivo: la célula. Aristóteles no pudo llegar al concepto de célula.
-De generatione animalium, considerado su mejor tratado, estudia las diferencias sexuales en muchos animales así como la fecundación y parto.
- De anima, en ella, Aristóteles expone su teoría de las tres almas, según la cual los vegetales poseen un anima vegetativa responsable de la nutrición y reproducción; los animales tendrían un anima sensitiva responsable de los deseos y movimientos, y solamente el hombre tendría un anima rationalis o intelecto. Existiría además una especie de alma o psije (psique) esparcida por doquier, que puede unirse a la materia dando lugar a la "generación espontánea" en condiciones especiales, la cual en todo caso está limitada a algunas plantas sin flores, ciertos moluscos y algunos animales inferiores.
La obra biológica de Aristóteles es suficiente para que sea llamado "Padre de la Biología" y "de la Zoología".Teofrasto (322-288 a.C.), llamado posteriormente "Padre de la Botánica" prosiguió la labor científica de su maestro Aristóteles. En sus obras Historia plantarum y De causis plantarum estudió la reproducción vegetal, los frutos y las enfermedades de las plantas. Clasificó las plantas en árboles, arbustos, subarbustos y yerbas; su clasificación es simplista, pero supera a la clasificación posterior realizada en la Edad Media.
El Museo de Alejandría, fundado en el año 300 a. C. y que funcionó durante 600 años, fue un auténtico instituto de investigadores sostenido por el Estado; incluía un observatorio, jardín zoológico, jardín botánico y una magnífica biblioteca.Hacia 290 a.C. trabajó en el museo el gran anatomista Herófilo, a él se debe un tratado de anatomía, un tratado sobre los ojos y un manual para parteras. Se le permitió disecar e incluso efectuar vivisecciones (cortes en seres vivos) en los condenados a muerte reconociendo la diferencia entre venas y arterias, y que éstas llevaban sangre. Durante sus vivisecciones distinguió a los nervios de los tendones. Por éstas y otras investigaciones se le considera " el Padre de la Anatomía".
Después del año 100 d.C. la ciencia aplicada descendió mucho en comparación con la que se desarrolló entre 300 y 200 a. C.; se encuentran nombres importantes como:
Plinio (23-79 d.C.) (después de Cristo), escribió Historia naturalis, libro escrito a través de consultas y no de observaciones directas reuniendo por igual hechos y fábulas, es decir mezcló hechos y ficciones acerca de la vida.Discórides (60 d. C.) fue médico militar, pero se ocupó de botánica seleccionando muchas plantas de las que describe unas 600; su obra fue Materis medica.
Galeno (130-200 d. C.) es el último de los grandes médicos clásicos. Galeno nació en Pérgamo, Asia Menor, y, después de adiestrarse en esa ciudad y en Alejandría terminó por marcharse a Roma, hizo descripciones anatómicas basadas en simios; dada su fama posterior nadie se atrevió a contradecir sus descripciones de anatomía humana, que sin embargo, basadas en disecciones de monos y cerdos, contenían muchos errores (hoy se le sigue llamando "galeno" al médico).
A partir del siglo I la ciencia Griega entró en franca decadencia y del año 100 en adelante puede decirse que no existe producción científica original con excepción de pocos nombres como Galeno.
Del año 500 al 1100 la Ciencia sufrió un atraso, las invasiones bárbaras al destruir las instituciones romanas dejaron un vacío cultural que apenas pudo ser llenado por la Iglesia, cuya misión no era la de procurar el avance científico, sino procurar el reino de Dios, y en esta tarea el saber científico se juzgó a menudo como negativo.La Iglesia sostenía escuelas monásticas donde se enseñaba a leer y escribir, música y religión; pero sin duda en ninguno de estos establecimientos se hacía obra científica.
Durante los largos siglos de la Edad Media, cuando prácticamente nadie, en Europa, sabía leer, en los monasterios se concentró la erudición y se preservaron los antiguos textos, que eran copiados y decorados con infinita paciencia por los monjes. Fue una época en que la Iglesia llegó a poseer un enorme poder, no sólo religioso sino también económico y político. Casi no existían, durante la edad media, las naciones tal como hoy las conocemos; Europa estaba fragmentada en multitud de señoríos y principados; si bien había reyes y emperadores, su poder era muy limitado, y en general estaban subordinados en gran medida a la Iglesia.Pero a partir del siglo XV la fuerza de ésta comenzó a debilitarse. Por un lado, se produjo la aparición de las distintas Iglesias Protestantes, que rápidamente ganaron muchos adeptos. Por otro las diversas monarquías se fueron consolidando y aceptando cada vez menos las órdenes de Roma, sede de la Iglesia Católica que, por consiguiente, fue perdiendo poderío económico, además del político.
Ante esta situación de crisis, la Iglesia empezó a tomar medidas más y más enérgicas para defender su posición.
La Inquisición, tribunal creado siglos antes para evitar que se produjeran desviaciones religiosas, fue ganando cada vez más fuerza.Hasta el siglo XV todas las explicaciones sobre qué y cómo es el mundo eran de tipo religioso y filosófico. La autoridad de los textos sagrados y de las obras de los filósofos griegos no podían cuestionarse. Y este apego a lo que se conoce como Principio de Autoridad fue tan grande que llegó a lo que hoy consideramos absurdo.
La Ciencia, tal como la conocemos hoy, es decir , como el resultado de la observación y la experimentación, no comenzó a consolidarse sino hasta el siglo XVI. Para hablar de la Naturaleza, hasta entonces, no hacía falta estudiarla: bastaba con examinar textos antiguos.