La Inquisición exportada por España a América llevó a efecto su cometido a partir de tres tribunales: el de Lima, el de México y el de Cartagena de Indias. En el resto de territorios americanos funcionaba un sistema de "familiares" o delatores oficiales que actuaban en cooperación con los tres tribunales citados. Durante todo el siglo XVI, los monarcas españoles siguieron con esa labor de vigilancia encomendada publicando cédulas que conminaban a las autoridades religiosas a no abandonar su labor como inquisidores en aquellas tierras. Como en el caso de la real cédula de 13 de julio de 1559, donde se daban instrucciones al arzobispo de Lima y a los obispos del Perú para que en el caso de que hubiesen entrado en aquellos lugares "algunos hombres luteranos o de casta de moros o judíos, los castigasen".
En este contexto tiene lugar la Real Cédula de Felipe II que señalábamos en el comienzo, la de 1570 y que afectó a Perú. En octubre de ese mismo año llega a Lima el nuevo inquisidor Antonio Gutiérrez de Ulloa y comienzan a estudiarse las causas abiertas contra reos provenientes de todas partes.
"Jerónimo de Ocampo, natural de Zamora, (...) preso porque con ocasión de haber mandado decir unas misas ciertos indios por un compañero difunto, sostuvo que no les aprovechaban ni vivos ni muertos; fue absuelto de la instancia por haber probado que sus acusadores eran enemigos capitales suyos."
"Hernán Álvarez de Carmona, vecino de Arequipa, sobre que dijo algunas palabras opuestas a la doctrina del sexto mandamiento, oyó una misa rezada, con vela, y pagó doscientos cincuenta pesos de plata ensayada y marcada."
"Diego de Magaña, de Valladolid, que negaba la resurrección de la carne en el día del juicio final por ser hombre de corto entendimiento, fue condenado sólo a oír una misa rezada, con vela y sin gorra."
(Citado por José Toribio Medina en su obra sobre la Inquisición en Lima, ver bibliografía en la siguiente entrada)