En noviembre de 1945 Masyumi se configuró como un partido político que defendía una democracia musulmana, no confundir con un Estado islámico. Sus principales líderes, entre los cuales se contaba Mohammad Natsir, pertenecían a la corriente modernista, pero durante los primeros años consiguieron incorporar también a elementos tradicionales.
Poco antes, en junio de 1945, cuando las derrotas japonesas ya permitían prever su retirada y con ella la proclamación de una independencia genuina, Sukarno presentó la Pancasila, los cinco principios que deberían representar la base ideológica del futuro Estado indonesio y que se introdujeron en el preámbulo de la Constitución. El Pancasila fue un golpe maestro de Sukarno que sirvió para poner las bases de un Estado laico en Indonesio. A modo de concesión a los islamistas, Sukarno aceptó que el primero de los principios fuera “la fe en un Dios”. El principio está formulado de una manera lo suficientemente neutra como para que no cupiera extraer de él la lectura de que implicaba que Indonesia sería un estado musulmán.
Bueno, el principio está formulado de una manera neutra ahora, porque el 22 de junio de 1945 la denominada Carta de Yakarta establecía como uno de los principios fundadores de la nueva república “la fe en un Dios con la obligacion para los musulmanes de practicar la ley islámica”. Esta formula de compromiso le fue impuesta a Sukarno por algunos líderes musulmanes que deseaban un mayor papel para el Islam en la futura república. La sorpresa vino cuando la nueva Constitución fue publicada el 17 de agosto de 1945 y las famosas siete palabras (en bahasa indonesia la fórmula “con la obligacion para los musulmanes de practicar la ley islámica” se expresa con siete palabras) habían desaparecido. Parece que la iniciativa de su supresión vino del Vicepresidente Hatta, que no quería alienarse a los cristianos (en torno al 10% de la población). Incluso había musulmanes que no querían la implantación de la shariah, que era a lo que parecían apuntar las siete palabras.Muchos modernistas vieron la supresión de las siete palabras como una puñalada trapera. Hatta trató de compensarles restableciendo una idea que había figurado en los primeros borradores de la Constitución: el establecimiento de un Ministerio de Religión, que gestionaría los asuntos religiosos no sólo del Islam, sino de las otras cuatro religiones reconocidas. Los radicales tienen que les das la mano y te cogen el brazo. Los modernistas interpretaron esa concesión en el sentido de que el Ministerio estaría dirigido por un musulmán, trataría básicamente de asuntos islámicos y sería un primer paso hacia la constitución de una sociedad islámica. El período que va de agosto de 1945, cuando Indonesia se proclamó independiente frente a un colonizador holandés que trataba de recuperar su colonia tras la derrota de los japoneses, hasta el 27 de diciembre de 1949 cuando los holandeses reconocieron oficialmente la independencia del país, es extraordinariamente complejo y difícil de resumir. En lo que se refiere al Islam indonesio, los efectos más destacados de este período fueron: 1) El PKI se radicalizó, haciendo imposible una confluencia de intereses con los elementos musulmanes más reformistas; 2) Masyumi, bajo la batuta de Natsir, abrazó los principios democráticos occidentales y asumió la separación entre política y religión; 3) Apareció un Islam radical y violento que deseaba el establecimiento inmediato del Estado Islámico. Y es a este Islam al que toca referirse ahora. El origen de este movimiento está en algunas milicias musulmanas que se formaron durante la ocupación japonesa. Estas milicias lucharon posteriormente contra los holandeses y en el proceso se radicalizaron, considerando su lucha anticolonial como una jihad y su objetivo el establecimiento de un Estado islámico. Su líder era Kartosuwiryo, que dio al movimiento el nombre de Darul Islam. Su base de operaciones era Java occidental, pero consiguió atraer a su órbita a movimientos afines que operaban en Aceh y el sur de Sulawesi. La captura y muerte de varios de sus líderes a comienzos de los sesenta provocó el final del movimiento. Únicamente en Aceh, el movimiento logró un acuerdo con las autoridades centrales, por el que la provincia gozaría de cierta autonomía y la shariah gozaría de un estatus especial.Darul Islam defendía un Islam intransigente y violento muy alejado de las tradiciones indonesias. Aunque aplastado a comienzos de los sesenta, algunos veteranos supervivientes contribuirían más tarde a crear las primeras células terroristas indonesias. En todo caso, el recuerdo de Darul Islam inspiraría a los terroristas yihadistas indonesios que aparecerían a finales del siglo XX.Los primeros años de la República de Indonesia estuvieron muy marcados por la figura de Sukarno que era uno de esos personajes que, gracias a Dios, son irrepetibles. En esos años, dos partidos islamistas, el Masyumi y el Nahdlatul Ulama (NU) lograron resultados electorales importantes, sobre todo en las elecciones de 1955 donde entre los dos acapararon el 45% de los votos. Sin embargo, divergencias sobre el papel que debería jugar el Islam impidieron que cooperaran. Además, en todo caso, quien marcaba la agenda política era Sukarno.La cuestion religiosa en esos años pasó a un segundo plano, hasta que a Sukarno se le ocurrió que el país lo que necesitaba era una democracia dirigida y una nueva Constitución. Fue un melón que no hubiera debido abrir. La cuestión de la Carta de Yakarta reapareció con toda su virulencia. Los debates se estancaron a propósito de esa cuestión. Sukarno no conseguía la mayoría de dos tercios que necesitaba, ante la oposición intransigente de Masyumi y de NU que no aceptaban ningún arreglo que no incluyera la Carta de Yakarta. Sin embargo, Masyumi y NU no fueron capaces de atraer a otros partidos a su causa. Hastiado con la situación y sintiendo el aliento de los militares en el cogote, Sukarno acabó tirando por la calle de enmedio: el 5 de julio de 1959 restableció la Constitución de 1945.