Pero no todo eran buenos tiempos y propósitos cumplidos de prosperidad. La tensión bélica con los indígenas no disminuía. De hecho, cayeron por sorpresa sobre Santiago, destruyéndola. Fue reconquistada por Francisco de Aguirre y levantó de nuevo el ayuntamiento y otras instituciones municipales durante los años 1542-1546. Algunos atribuyen a Aguirre ser el impulsor de la prosperidad de Chile por el modo en cómo administró la autoridad y el orden para todos sin exclusión. Su administración perduró en la memoria y con ello se creo un referente de cómo podía gobernarse un territorio con honestidad y justicia.
El buen Valdivia, nombrado gobernador por D. Pedro de la Gasca, regente de la Real Audiencia de Lima, regresó a Chile en 1549 para la conquista del sur del río Biobío. No era un cometido fácil, de ningún modo cómodo [...] .