La mayoría de hongos son saprofitos, es decir, viven de restos muertos y desperdicios de otros organismos desintegrándolos y transformando las sustancias químicas simples en aminoácidos, carbohidratos y ácidos grasos, los cuales son aprovechados por ellos y el resto, ya descompuesto puede ser utilizado por plantas y animales.



Phylum Oomycota
Los oomicetos incluyen a organismos como los mohos acuáticos, las royas blancas y los mildius; son parásitos o saprófagos, se alimentan extendiendo unas hifas hacia el interior de sus huéspedes y absorbiendo sus nutrientes mediante la liberación de enzimas digestivas.
Su reproducción puede ser asexual por medio de esporas asexuales llamadas zoosporas o sexual por medio de cigotos llamados oosporas.

Los cigomicetos son hongos terrestres, la mayoría son saprofitos (Rhizophus stolonifer y R. nigricans que crecen en el pan y en las frutas ricas en almidón), existiendo algunos parásitos de plantas (Phytophora infestans causante del tizón tardío de la papa y el tomate, y especies del género Pythium que provoca la pudrición de la raíz de plantas de diversos cultivos agrícolas).
Las hifas de Rhizopus que crecen paralelas al medio de cultivo se llaman estolones, las numerosas hifas pequeñas y ramificadas que salen de los estolones y crecen hacia abajo se llaman rizoides, estos penetran a la fuente de alimento en que crece el hongo y secretan enzimas que lo digieren.

El nombre de estos hongos obedece a que sus esporas se desarrollan en sacos llamados ascas, generalmente en cada asca hay 8 esporas, las cuales al alcanzar la madurez son transportadas por el viento produciendo un micelio. El tamaño de estos hongos va de 2 mm a10 cm.
Presentan reproducción asexual por esporas o conidios y reproducción sexual por esporas monoploides llamadas ascosporas.
Los ascomicetos constituyen el grupo de hongos más extenso, diverso y económicamente importante.
Las levaduras, algunos hongos de humedad, hongos de copa y trufas, son parte de este phylum, dentro del cual se incluyen algunos hongos responsables de que la comida se dañe y obtenga mal sabor. La mayor parte de los ascomicetos son saprofitos que viven en materia vegetal muerta, algunos son parásitos de plantas y muchos están adaptados a hábitats terrestres.
Ascomicetos unicelulares del género Saccharomyces (sacchar, azúcar; mykés, hongo), se usan para hacer pan y cerveza, estos hongos viven en alimentos ricos en azúcar, como el jugo de las uvas del que se obtiene el vino.
Algunos hongos del género Penicillium se pueden ver con crecimientos azul-verdosos en algunas frutas cítricas como la naranja y a veces en el pan y la tortilla.

Los miembros de este grupo son llamados basidiomicetos e incluye a algunos de los hongos más grandes como las setas, amanitas, y champiñones.
Estos hongos forman un cuerpo fructífero o basidiocarpo, el cual es visible; poseen un pedúnculo o estípite que sostiene al sombrerillo o píleo, cuya coloración es muy variada y en cuya parte inferior se encuentran las laminillas, lugar en donde se producen esporas monoploides llamadas basidiosporas.
Comúnmente se considera como al hongo a la parte que sobresale del suelo, sin embargo, la mayor parte del hongo forma el micelio subterráneo. El micelio absorbe los nutrientes de la materia orgánica que hay en el sustrato, y la parte del hongo que sobresale es el basidiocarpo o estructura reproductora. Todos se distinguen por tener una estructura microscópica reproductiva en forma de maza o basto llamada basidio, de donde deriva el nombre del grupo.
En este grupo de hongos se encuentran especies comestibles del género Agaricus como el champiñón blanco, hongo cultivado a gran escala y que se vende comercialmente. Y especies venenosas del género Amanita, que por contener sustancias químicas tóxicas, causan al ser ingeridos, trastornos respiratorios y circulatorios serios.
Algunas especies de hongos del género Psilocybe, contienen sustancias tóxicas como la Psilocybina que actúa sobre el sistema nervioso, produciendo entre otras cosas alucinaciones; actualmente este grupo de hongos ha sido objeto de un estudio minucioso.

