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Para la llegada de Jim Lee como dibujante regular de X-Men, Chris Claremont prepararía dos historias que permitirían el lucimiento del dibujante, con tramas diseñadas a su medida, convertidas en un gran espectáculo. Su primera historia, Caballeros de Madripur, reuniría en una trama a dos tiempos ni más ni menos que al Capitán América, la Viuda Negra y Lobezno, mientras que el segundo, Pícara Renacida le permite encontrarse con la que sería uno de sus personajes fetiche: Pícara. Y es que Claremont decidió que había llegado el momento de volver a traer a Pícara, que continuaba desaparecida desde que atravesara junto a Nimrod-Molde Maestro el Portal Peligroso, antes de que lo hicieran el resto de sus compañeros condicionados por Mariposa Mental.
Pícara regresaría repentinamente al refugio australiano de la Patrulla, para encontrarse de golpe con que había perdido sus poderes, con que Mística había muerto, con que los Cosechadores habían recuperado el control de ese recinto, y con que el Portal Peligroso la había separado de Carol Danvers, creando una nueva Miss Marvel (con su aspecto clásico). Escapando de Miss Marvel y los Cosechadores, Pícara es enviada por Pórtico a la Tierra Salvaje, mientras que Carol Danvers recae en Isla Muir, donde se encuentra en mano de unas muy cambiadas Moira MacTaggert y Amanda Sefton, que mantienen prisionera a Polaris… y donde descubrimos que el Rey Sombra ha conseguido el control de Legión, y a través de él, el de prácticamente todos los habitantes de la isla. El Rey Sombra envía a Carol Danvers a luchar contra Pícara, a la que casi derrota, pero que es salvada en última instancia por Magneto, aunque tendremos que esperar un poco más para saber qué hace el Señor del Magnetismo en la Tierra Salvaje, porque habría dos grandes historias que contar antes.
Y es que de nuevo los Annuals de 1990 contarían una historia conjunta, uniendo las tramas de Los Cuatro Fantásticos, Los Nuevos Mutantes, Factor-X y Patrulla-X en una historia que pretendía ser un homenaje a la legendaria Días del Futuro Pasado. Se trata de Días del Futuro y del Presente, obra del matrimonio Simonson y Claremont a los guiones, y con Jackson Guice, John Bogdanove, Terry Shoemaker, Chris Wozniak y Arthur Adams a los guiones. En una trama un tanto… en fin, no demasiado espectacular, el fantasma del Franklin Richards del futuro que habíamos visto en Días del Futuro Pasado, regresaba al presente, modificando la realidad, y buscando reunirse con Fénix, su pareja de esos espeluznantes días del futuro dominado por los Centinelas. Franklin utiliza sus poderes para tratar de “corregir” la realidad, y por supuesto, eso le lleva a un enfrentamiento con los Cuatro Fantásticos, los Nuevos Mutantes (ya liderados por Cable), Factor-X y la Patrulla, siendo lo más importante de toda la trama el que en ella se produce el primer encuentro entre Jean Grey y Rachel Grey (rehuyendo la primera a la segunda) y el regreso de Tormenta (niña) a la Patrulla, acompañada de Gambito.
Y con ellos tendríamos el reparto completo preparado para la siguiente gran saga de los X-Men. Nuevos Mutantes, Patrulla-X y Factor-X se unirán en Proyecto Exterminio, trama desarrollada por Claremont y Louise Simonson, en la que los autores volverían a esa joya argumental que es Genosha. Los genoshanos deciden lanzar un ataque sobre suelo estadounidense para recuperar a Jenny Ransome y Philip Moreau… y para llevar a juicio a los mutantes relacionados con la Patrulla para juzgarles por crímenes contra Genosha. Así, en un momento en que Jean Grey, la Patrulla-X (Gambito, Tormenta, Banshee y Forja) y los Nuevos Mutantes de Cable se encuentran hacinados en los sótanos de la destruida mansión de Xavier, son atacados por los Magistrados Genoshanos, al frente de los cuales se encuentra Kaos, convertido en magistrado tras su paso por el Portal Peligroso. Gracias a Tormenta, los genoshanos no pueden acceder a las entrañas de la Escuela, pero Kaos y los suyos consiguen capturar a Tormenta, Loba Venenosa, Bum-Bum, Ríctor y Warlock. Por supuesto, de inmediato el resto de los mutantes se organizan para liberar a sus compañeros, mientras parece gestarse una posible guerra entre Genosha y Estados Unidos
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En Proyecto Exterminio descubrimos que tras este malévolo plan se encuentra un viejo enemigo de Factor-X, el psicópata Cameron Hodge, inmortal tras su trato con el demonio N´Astirh, y que ha sido montado sobre un cuerpo robótico dotado de grandes armas. Hodge planea utilizar el proceso de mutación diseñado por el Geningeniero Moreau con los prisioneros, y además, quiere hacerse con el virus trans-mod de Warlock, lo que le convertiría en una criatura invencible. Mientras Cíclope y Cable, con el beneplácito del gobierno y Val Cooper organizan al resto de la Patrulla-X y Factor-X para adentrarse en Genosha, Warlock muere, y aunque Bum-Bum y Ríctor consiguen escapar, Tormenta y Rahne son procesadas y convertidas en esclavas mutadas. Y para completar el equipo, Mariposa Mental, Lobezno y Júbilo llegan también a la isla para liberar a los cautivos. Hodge consigue capturar a la mayor parte de los mutantes, sometiéndolos y torturándolos, pero Júbilo consigue reunirse con Rictor y Bum-Bum. Hodge se implica también en conflictos internos con el gobierno genoshano, enfrentándose en varias ocasiones al Geningeniero, lo que lleva a este a diseñar un plan contra Hodge, convirtiendo a Tormenta en la llave que permitirá devolver los poderes a los mutantes procesados. Tras conseguir devolver sus poderes a Kaos, y recuperar Tormenta su aspecto adulto, Mariposa consigue liberar a sus compañeros, y entre todos, se enfrentan a Hodge, aunque les costará la vida del Geningeniero Moreau. Arcángel, Lobezno, Jean Grey, Cíclope, Kaos, Loba Venenosa y Ríctor forman el grupo que finalmente destruye a Hodge. Loba Venenosa y Kaos decidirán quedarse en Genosha, mientras el resto de los equipos regresan a casa, tras una aventura después de la cual, nada sería lo mismo…Al menos en teoría, ya sabéis. Realmente, Proyecto Exterminio devolvió a la Patrulla-X a la actualidad pública, acabando con la idea de que habían muerto frente al Adversario, y con el regreso de Kaos, teníamos de vuelta a todos los Hombres-X que habían atravesado el Portal Peligroso. La verdad es que recuerdo que cuando leí Proyecto Exterminio en su día me gustó bastante, aunque esta vez ha soportado bastante mal la relectura… y buena parte de la responsabilidad sea del dibujo. O sea, los capítulos de X-Men, de Jim Lee, son la ostia, evidentemente. Pero Jon Bogdanove no tiene sus mejores momentos, Liefeld no se luce exactamente… y las páginas de Guang Yap son directamente abominables.
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Lo que sí es cierto es que al final de Proyecto Exterminio todo quedaba enrutado para las que serían las sagas finales de esta etapa de la Patrulla-X, y es que se acercaba la batalla contra el Rey Sombra